广州医科大学基础医学研究所成立于 2018 年，以广州医科大学基础医学院为依托，重点打造蛋白质修饰与降解相关疾病、神经科学、血管科学、免疫学、肿瘤学五大学科平台，整合学科资源建立科研仪器共享平台。研究所多渠道多途径引进人才63人（全职引进29人，柔性引进34人，其中，第二层次8人，第三层次22人，第四层次30人，第五层次3人）。全职人才中19人有海外工作经历，占65.51%，为学院师资队伍注入新活力，师资队伍创新能力和国际化水平不断提升。目前拥有国家长江/优青/突出贡献专家等国家级人才11人次、广东省人才30人次、广州市人才56人次。另外，有科研助理 7人、博士后43人、在读博士生 41 人、在读硕士生 218人，配备 4名在编实验技术人员为全院教师以及学生提供科研实验室管理和科研仪器使用服务。基础医学研究所是集科研与教学为一体的综合研究机构，已形成了一支人才结构合理、科研创新能力强的学科队伍。

基础医学研究所现位于番禺校区科技大楼4楼，科研场地面积约5000平方米，科研仪器设备近5000多台，大型贵重仪器40多台，仪器设备总投入6000万元。目前已拥有超高分辨成像激光扫描共聚焦系统、激光扫描共聚焦显微镜 (Leica SP8)、BD FACSAria流式细胞仪，BD LSRF流式分析仪、质谱流式细胞仪（Helios）、荧光定量PCR、数字微滴 PCR、蛋白质分析纯化仪等一批大型设备和配套设施为科学研究提供有力硬件和软件支持，目前大部分大型精密仪器已纳入学校科研实验中心，全校科研人员均可通过大型仪器分析测试平台系统进行预约使用。

自研究所成立以来，获批基础医学一级学科博士授权点，近三年承担国家级、省部级、市厅级等纵向科研项目 160多项，科研经费近 5000万元；其中科技部及国家自然科学基金48项，经费 2732.15万元。国内外杂志上发表科研论文 200 多篇；获得授权专利 29 项，其中发明专利19项，实用新型10项；获得广东省科技进步一等奖1项，广东省自然科学奖二等奖1项，“顾孝诚讲座奖”1项，广东省生物物理学会科学技术奖一等奖1项。定期邀请国内外知名专家学者开展学术讲座，并且每周举办院内学术沙龙活动，鼓励研究人员以各种形式同国内外高校与学者进行学术交流与合作。

基础医学研究所实行开放、流动、竞争、创新的运行机制，以学科共建为抓手，开展以临床问题为导向的科学研究，注重对外合作与交流，发挥研究所内在优势，努力创建高层次人才培养与引进、重大医学前沿创新、国家重大项目联合攻关的高水平创新研究基地，打造一流的开放型资源共享平台。