基础医学院的前身是基础医学部，成立于1958年，2004年7月更名为基础学院，2018年11月更名为基础医学院。基础医学院下辖1个系、6个教研室、4个实验教学中心，另设基础医学研究所、中法霍夫曼免疫研究所。学院汇聚“新世纪百千万人才工程”人选、国家“杰出青年”、珠江学者、南山学者、南粤优秀教师等大批海内外优秀人才，承担本校本、硕、博多层次医学基础及专业课教学，同时承担国家级、省部级及市厅级科研项目的研究。围绕培养具有人文情怀、国际视野、创新精神及实践能力的卓越人才目标，以学生发展为中心，以创新研究引领精英化教育和个性化发展，先后获得省市级教学成果奖十余项。目前已建有国家级一流课程及视频公开课、国家级虚拟仿真实验教学中心及虚拟仿真实验金课、国家级双语教学示范课程、广东省实验教学示范中心及大学生创新实验平台，建成一批国家级/省级一流课程，为保证优质教育奠定了良好基础。

基础医学学科为一级学科博士、硕士授权点，是广东省高水平大学重点学科建设项目和广东省高等教育“冲补强”提升计划重点建设学科。学科以“双一流”建设目标为导向，依托国家重点实验室、省部级重点实验室，开展以临床疾病为导向的医学基础研究，在呼吸疾病基础、蛋白质修饰与疾病、感染与免疫、肿瘤学基础、血管疾病、神经退行性机制等研究领域深耕，已形成具一定规模及研发实力的国际化学术团队，产出一系列具转化应用价值的科研成果，培养了一批杰青、优青、广东省珠江学者、南山学者等高层次人才，培育了一大批优秀博士、硕士及本科毕业生。

近五年学院承担包括科技部重点专项、国家原创探索计划在内的300余项，总经费近亿元，获得国家级科技奖励1项、省部级科技奖励7项、获批发明专利19项；在Nature、Cell、Blood、Hepatology等国际权威学术期刊发表研究论文600余篇；免疫学、微生物学、神经科学与行为学、分子生物学与遗传学等学科进入ESI排名全球前1%。

学院不断探索国际交流及合作办学新模式，与国内外多所高校及科研院所建立了长期合作关系，与诺贝尔医学奖得主霍夫曼教授团队合作成立的中-法霍夫曼免疫研究所已入选全国高等学校学科创新引智基地，聚焦天然免疫机制研究。广泛的国际合作为培养卓越医学人才搭建了学术交流和共同发展的高端平台，也为拓展学生国际视野、开展与国际接轨的医学教育创造了良好的外部环境。